本片改編自花澤健吾的同名漫畫，講述了曾經輝煌一時的日本忍者，在戰后被GHQ解散組織而消失，不過，他們潛伏在世界的所有機關，現代也暗中活動著，據說人數約為20萬人。但基層忍者經常找不到工作，其中之一的云隱九郎（山崎賢人 飾）隸屬忍者組織“NIN”的末端忍者（下忍），過著與啃老族無異的生活。一天，閑得發慌的他被判了一項重大的“忍務”，那就是調查戰后70多年來一直潛入地下的某個組織的動向，其名為——“地下忍者”。忍術、智謀、最新科技等驅使了一切，從未有過的戰斗現在開始。