《星學院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星學院”系列的第三部，主要講述了菲洛、小月、美星三位魔法少女進入潘朵拉奇幻社就職的故事：菲洛和伙伴們通過在星學院的學習，成長為優秀的魔法師，并且即將面臨畢業考核。然而這時，她們意外被卷入一場魔卡精靈的失蹤事件。與此同時，瑞拉國王突然病重、潘朵拉魔卡風靡一時、王國大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏著十年前的一個驚天秘密。為了查明真相，菲洛和伙伴們加入潘朵拉奇幻社，成為極光組的一員。